Perus- ja ihmisoikeuksista puhutaan usein “pehmeänä” kansainvälisen yhteistyön alueena, joka erottuu “kovasta” talouspolitiikasta – Euroopan unionin keskeisestä toiminta-alueesta. Perus- ja ihmisoikeuksilla on silti merkitystä enenevässä määrin myös Euroopan unionin toiminnassa. Samalla niiden asema on koko ajan vahvistunut unionin oikeusjärjestyksessä. Nykyään perusoikeudet ovat EU:n oikeuden ytimessä.

Euroopan unionilla on tärkeä asema jäsenvaltioiden ja ulkopuolisten maiden välisen kaupan sääntelyssä. Ulkopuolisten maiden kanssa tehtäviin yhteistyö- ja kauppasopimuksiin liittyy nykyisin säännönmukaisesti jonkinlainen ihmisoikeuslauseke. Sen avulla Euroopan unioni pyrkii varmistamaan, ettei EU-maiden ja ulkopuolisten maiden välinen kauppa koidu ihmisoikeuksien vahingoksi. EU saattaa tarvittaessa turvautua myös pakotteisiin, esimerkiksi asevientikieltoon tai kauppaboikottiin. Pakotteita koskevassa päätöksenteossa ihmisoikeuksilla on oma merkityksensä.

Euroopan unionissa perusoikeuksia suojattiin alun perin kirjoittamattomina yleisinä oikeusperiaatteina, vaikka muutamilla Euroopan yhteisön perustamissopimuksen määräyksillä esimerkiksi kansalaisuusperusteisen syrjinnän kieltämisestä, työntekijöiden liikkumisvapaudesta sekä sukupuolten tasa-arvosta työelämässä oli myös perusoikeuskytkentöjä. Pääroolissa perusoikeusulottuvuuden kehittämisessä oli pitkään Euroopan yhteisön tuomioistuin (nykyinen Euroopan unionin tuomioistuin), joka haki lähtökohtia ja virikkeitä perusoikeuksille jäsenvaltioiden yhteisestä valtiosääntöperinteestä ja sellaisista kansainvälisistä ihmisoikeussopimuksista, joissa EU:n jäsenvaltiot ovat osapuolina. Käytännössä Euroopan ihmisoikeussopimus on ollut erityisasemassa tuomioistuimen oikeuskäytännössä jo pitkään ja sittemmin se on erikseen mainittu myös perussopimustasolla.

Kun Euroopan unioni perustettiin vuonna 1993 ns. Maastrichtin sopimuksella, perusoikeudet mainittiin ensimmäisen kerran nimenomaisesti perussopimuksissa. Sittemmin unionin perusoikeusjärjestelmää on määrätietoisesti kehitetty. Välitilinpäätöksenä voidaan pitää Euroopan unionin perusoikeuskirjan hyväksymistä vuonna 2000. Perusoikeuskirja kokoaa unionissa perusoikeuksiksi tunnustetut oikeudet ja vapaudet yksiin ja samoihin kansiin. Perusoikeuskirja on kansainvälisessä vertailussa ainutlaatuisen kattava: se suojaa sekä taloudellisia, sosiaalisia ja sivistyksellisiä että kansalais- ja poliittisia oikeuksia. Lisäksi siinä on tunnustettu perusoikeuksina muun muassa henkilötietojen suoja, hyvä hallinto, asiakirjajulkisuus sekä ympäristöön ja kuluttajansuojaan liittyviä oikeuksia.

Lissabonin sopimuksen voimaantulon myötä 1.12.2009 EU:n perusoikeuskirja tuli oikeudellisesti sitovaksi ja sai yhtä vahvan oikeudellisen aseman EU:n oikeusjärjestyksessä kuin EU:n perussopimukset. Näin ollen perusoikeudet eivät ole enää EU:n oikeuden ulottuvuus vaan sen ydin, joka muodostaa tulkinnan ja pätevyyden perustan Euroopan unionin lainsäädännölle ja muille unionin toimielinten päätöksille.

Vuonna 2011 EU:sta tuli ensimmäistä kertaa ihmisoikeussopimuksen osapuoli, kun se ratifioi vammaisten oikeuksia koskevan YK:n yleissopimuksen. Lissabonin sopimuksessa EU myös sitoutuu liittymään Euroopan ihmisoikeussopimukseen. Euroopan neuvostossa on jo poistettu oikeudelliset esteet unionin liittymiseltä. Sitä vastoin Euroopan unionissa liittymisen tiellä on kuitenkin vielä haasteita. Vaikka asiasta oli käyty jo pitkät neuvottelut ja alustava poliittinen yhteisymmärryskin saatu synnytettyä, EU:n tuomioistuin tyrmäsi vuonna 2014 liittymisen lausunnollaan, jonka mukaan liittymissopimusluonnos olisi ristiriidassa unionin oikeuden kanssa. Jos liittymissopimus saadaan yhteensopivaksi EU-oikeuden kanssa, lopullinen liittyminen vaatii vielä yksimielisen EU:n neuvoston päätöksen sekä kaikkien jäsenvaltioiden hyväksynnän.